欧盟加入《马德里议定书》于2004年10月1日生效。之后该国际制度便与共同体商标制度之间建立起正式联系，这意味着来自《马德里议定书》成员国的商标所有人将可在其国际商标注册申请中指定欧盟。
2004年10月，世界知识产权组织（WIPO）、欧洲内部市场协调局（商标和外观设计）（OHIM）以及欧盟委员会，在WIPO日内瓦总部举行了一次国际会议，审查《商标国际注册马德里议定书》（马德里议定书）与共同体商标制度（CTM）之间相互关系的问题。《马德里议定书》与共同体商标之间，在欧盟加入《马德里议定书》生效之后，于2004年10月1日正式联系起来，为商标所有人获得国际商标保护提供了最大程度的灵活性。
如果延伸保护申请未被欧盟的商标局――OHIM――驳回，则商标保护将在欧盟的所有25个成员国中有效，如同其系直接向OHIM提出申请或进行注册一样，商标所有人还将能使用其向OHIM提交或注册的商标申请，作为提出《马德里议定书》国际申请的依据。
在欧盟内部，商标注册人可以选择直接在有关的国家商标局注册，亦可选择在OHIM注册。欧盟加入《马德里议定书》之后，在使用马德里体系时，仍可在这两种途径中任选其一。如果OHIM拒绝对依据《马德里议定书》指定欧盟的国际商标申请中所涉的商标给予保护，该项指定则可转为对亦参加马德里体系的欧盟的具体成员国所作出的指定。